1、上市制度：核准制VS注册制。
主板采用的是核准制。拟上市公司必须符合《证券法》和《公司法》规定的上市硬性条件，再由证监会指定的新股发审委来决定是否“过会”，之后才能成功IPO上市。而科创板将“试点”注册制，允许尚未盈利的公司上市，也可以采取类似美股的“同股不同权”结构，甚至可以允许VIE结构企业上市。
2、投资者结构：散户VS机构。
虽然近年来，以公私募基金、保险、券商为主的机构投资责逐步进场，但主板、创业板、中小板仍未摆脱散户为主导的局面。而科创板从构想伊始，就很明确的设计为机构主导，网下配售应优先向公募基金、社保基金、养老基金等机构配售，比例不低于50%。而这些机构投资者秉持的，也都是长线价值投资。
3、个人投资门槛：0元VS50万元。
主板开户条件非常简单，门槛也很低，只需年满18岁的中国公民即可，没有最低开户资金要求。科创板隶属于上交所，所以开通科创板的前提，必须是A股已经开户。除此之外，科创板设定了50万元的交易门槛，以及至少两年的证券投资经验。
4、交易机制：同为T+1，但涨跌幅有细微差别。
主板采取的是T+1交易制度，今日买入的股票，次交易日才能卖出；今日卖出股票所得资金，次交易日才能转出。同时，A股实施10%的涨跌停板制度，新股首日实行分段涨跌停板，最大涨幅44%。科创板也实行T+1制度，这与此前市场普遍预期的T+0有较大出入。同时，科创板规定，新股上市后的前5个交易日不设涨跌幅，每日盘前盘后的竞价交易的涨跌停幅度为20%。在交易的每手股数上，主板交易一手的最低单位为100股，每单交易上限100万股；科创板一手最低200股，每单交易上限10万股。
5、退市机制：暂停上市VS直接退市。
虽然主板的退市机制已经比较完善，但由于遵循暂停上市、恢复上市、重新上市的“严进宽出”原则，多年来真正完成退市的个股少之又少，导致壳资源炒作的泛滥。科创板退市机制则有所不同，整体遵循“宽进严出”的原则。具体来看，科创板分为重大违法退市与交易类退市两种情况。
