具体区别在于：
新三板是原中关村股转系统改革后的产物；A股是上海和深圳两个交易所挂牌上市的主板，中小板和创业板上的股票。
投资者不同，A股投资门槛低，目前国内散户仍然占据主体低位，机构投资者队伍在不断壮大；新三板投资门槛高，多为专业的机构投资者。
公司挂牌要求不同，企业挂牌上市需要符合国家的相关规定，如企业注册资本，盈利额等。根据上市要求从严到宽松依次为：沪深主板，中小板，创业板，新三板。因此新三板企业挂牌难度低，大多数企业都符合要求，是目前已挂牌6000家，年底突破1万家的主要原因。
交易规则不同，新三板可以采取协议方式、做市方式、竞价方式或其他中国证监会批准的转让方式。而主板、创业板多采用竞价交易方式，大宗交易采用协议大宗交易和盘后定价大宗交易方式。
