网上支付跨行清算系统主要支持网上跨行零售业务的处理，业务指令逐笔发送、实时轧差、定时清算。
客户可通过在线方式提交支付业务，并可实时获取业务处理结果。系统支持商业银行以及经中国人民银行批准的非金融支付服务机构接入，并向客户提供7×24小时全天候服务。
从业务管理方面来讲，网上支付跨行清算系统是小额支付系统在网上支付方面的延伸，从系统管理方面来讲，网上支付跨行清算系统是与大、小额支付系统并行的人民币跨行清算系统。
网上支付跨行清算系统投入使用后，将实现网银跨行支付的直通式处理，满足网银用户全天候的支付需求，有效支持电子商务的发展。支持符合条件的非银行支付服务组织接入，为其业务发展和创新提供公共清算平台。
