1、组织机构不同：
市委：是市级党的党政机关，代表党开展工作。
市政府：是该市的行政机关，代表地方开展工作。
2、产生方式不同：
市委：市委工作人员一般由上级党委推荐，党代会选举，上级党委组织部决定。市委书记一般由中共中央派出。
市政府：市政府工作人员一般是由市人民代表大会选举产生。
3、领导人不同：
市委：最高领导人是市委书记。
市政府：最高领导人是市长。
拓展资料：
市委
市委全称中国共产党XX市委员会，是中国共产党在我国直辖市、地级市或县级市设立的最高领导机构，统领全市党组织和党员。中国共产党是我国的领导核心，市委作为党的地方领导机构在政治生活中是各项社会主义事业的领导核心。譬如，杭州市委可召开民主协商会和人大代表座谈会，就杭州发展低碳经济建设、低碳城市广泛听取政协委员、民主党派和人大代表建议，提出了符合杭州实际的以“一化七经济”为重点转变发展的方针，为杭州未来发展指明方向。
市政府
中华人民共和国市级人民政府是市的一级国家行政管理部门。
市人民政府是市人民代表大会的执行机关，是城市的国家行政机关。
具体表现：
第一、以市人民政府名义向市人大及其常委会提出的议案。向上级人民政府提出的请示、报告，以及向下级人民政府发出的指示、命令等，均由市长签署。
第二、市长全面领导市人民政府的工作，对市人民政府的工作全面负责，副市长协助市长开展工作，或受市长委托分管某一方面的工作。
第三、市长召集和主持市人民政府全体会议和常务会议，市政府工作的重大问题经市政府全体会议和常务会议讨论，由市长集中正确意见，最后做出决定。
第四、市长有权就市政府的秘书长、厅长、局长、委员会主任、科长等市政府组成人员，向市人民代表大会常务委员会提名。
职权：
（1）执行市人民代表大会及其常务委员会的决议，以及上级国家行政机关的决定和命令，规定行政措施，发布决定和命令。
（2）领导所属各工作部门和下级人民政府的工作。
（3）执行国民经济和社会发展计划、预算，管理本市的经济、教育、科学、文化、卫生、体育事业、环境和资源保护、城乡建设事业和财政、民政、公安、民族事务、司法行政、监察、计划生育等行政工作人员。
（4）保护社会主义的全民所有的财产和劳动群众集体所有的财产，保护公民私人所有的合法财产，维护社会秩序，保障公民的人身权利、民主权利和其他权力等。
（5）办理上级国家行政机关交办的其他事项。
工作部门：
市人民政府的工作部门是指在市人民政府统一领导下，负责管理城市某一方面或某些方面行政事务的职能机构、称为局、委员会、科、办公厅等。
部门分类：
（1）综合经济管理机构
（2）专业经济管理机构
（3）监督管理机构
（4）社会管理机构
（5）安全司法机构
（6）内务管理机构
