软件著作权两年不予登记的原因是：
一、申请表存在缺陷：
1、软件全称不规范；
2、编程语言、软件环境、硬件环境、代码量、功能和技术特点有错误；
3、开发方式有误；
4、著作权人信息填写有错误等。
二、提交的源程序鉴别材料有缺陷：
1、格式是否符合中心要求；
2、程序中出现与申请人无关的他人信息；
3、申请人提供了图形程序等。
三、提交的手册鉴别材料有缺陷：
1、格式是否符合中心要求；
2、程序中出现与申请人无关的他人信息等。
四、其他材料有缺陷：
1、是否正确提供了非职务软件证明材料；
2、是否正确提供了LINUX申明；
3、是否正确提供了合作开发协议等。
软件著作权登记过程中，一旦上述材料提交有误，都可能最终影响材料的顺利受理，进而会发出补正通知书，要求申请人进行说明修改，在此期间，该材料会暂时不予受理。
