使用软件著作权的限制有：
1、自然人的软件著作权，保护期为自然人终生及其死亡后50年，截止于自然人死亡后第50年的12月31日；软件是合作开发的，截止于最后死亡的自然人死亡后第50年的12月31日。法人或者其他组织的软件著作权，保护期为50年，截止于软件首次发表后第50年的12月31日，但软件自开发完成之日起50年内未发表的，本条例不再保护。对软件的开发者身份权的保护不受时间限制。
2、在保护期内，因课堂教学、科学研究、国家机关执行公务等非商业性目的的需要对软件进行少量复制，可以不经软件著作权人同意，不向其支付报酬。
3、软件著作权人不得损害公众利益，违反其他法律。
4、软件复制品合法持有人，在不经该软件著作权人同意的情况下，可以根据使用的需要把该软件装入计算机内，制作备份复制品，进行必要的修改等。
