1、介质不同
油性马克笔，就是不能溶于水，而是溶于酒精，当你的笔干掉了，可以用注射器吸取少量酒精注射到马克笔里就可以直接用了。
水性马克笔，的比较清透，干了就加水，相比之下，水性马克笔用起来应该更加省钱。
2、效果
油性马克笔，色彩柔和，挥发快，干后颜色会变淡，如果单纯的上色，水性马克笔更好用。
水性马克笔，颜色鲜艳，笔触清晰，多次覆盖后色彩变浑浊，但是干了之后不易变色，稳固性非常好。
3、适合画纸不同
油性马克笔，画纸的渗透力比较强，所以描图纸或者叫硫酸纸比较适合它，一般用于室内透视图的绘制，在朔料材质上画不容易擦掉。
水性马克笔通常用于在较紧密的卡纸或铜版纸上作画。用来画人物画比较好。在朔料材质上画很容易擦掉。
4、缺点，两者的有点不同，缺点也就不一样了。
油性马克笔的缺点是颜色饱和度差，而且颜色干了之后会变淡。
水性马克笔的缺点是不能叠加上色，使用多种颜色，画面会很脏。
