1、考试目的不同。合格考是标准参照考试，目的是考查全体高中学生是否达到了普通高中课程方案和课程标准规定的基本学业要求，可以称为“强化基础”；选择考是常模参照考试，目的则是在“强化基础”的前提下，凸显不同高中学生在学业修习上的学科特长，可以称为“突出个性”。
2、考试科目不同。合格考覆盖国家课程方案规定的所有学习科目。选择考是学生根据自身兴趣、志向、优势和普通高校招生要求以及普通高中办学条件，在“物理、历史”中必选1个科目、在“思想政治、地理、化学、生物学”中自选2个科目，共计3个科目组成选择考科目。
3、考试范围不同。合格考范围为各学科课程标准确定的必修内容；选择考范围为各学科课程标准确定的必修和选择性必修内容（老课程标准为选修内容）。
4、成绩呈现不同。合格考（含素质测试、实验考查）科目成绩分为“合格”和“不合格”。选择考中，首选科目成绩以原始成绩呈现；再选科目成绩以等级转换分形式呈现。合格考成绩终身有效，选择考成绩当年录取有效。
5、考试时间和考试机会不同。全省统一组织的合格性考试每年组织1次，安排在高中二年级，普通高中在校生均须参加合格性考试。选择考从2021年开始实施，每年组织1次，时间安排在当年6月份全国统一高考科目考试结束后进行。
