南京财经大学始建于1956年的粮食部南京粮食学校，是新中国自己创办的第一批粮食院校之一。
1981年，南京粮食经济学院在原南京粮食学校的基础上建立。
1993年，学校更名为南京经济学院。
1999年，南京物资学校并入南京经济学院。
2000年，南京经济学院、江苏财经高等专科学校、江苏经济管理干部学院三校合并，组建成新的南京经济学院。
2003年，经教育部批准，学校正式更名为南京财经大学。
2011年，江苏省人民政府与国家粮食局签约共建南京财经大学。
2019年，国家粮食和物资储备局与江苏省人民政府签署战略合作协议，全力支持学校事业发展。
2021年，学校获批审核增列且需要加强建设的博士学位授予单位，获批江苏高水平大学建设高峰计划B类建设高校。
2022年4月，“2022软科中国大学排名”正式发布，学校进入“2022软科中国财经类大学排名”前10。
2022年8月，经国务院学位委员会批准，学校正式成为博士学位授予单位。
