12306历史订单不能人为删除，系统会将超过30天的订单自动删除。12306网站不提供用户自主删除历史订单功能，只有历史订单查询功能。根据12306系统提示，铁路系统仅提供30天内历史订单查询，更早的订单是无法查询的。如果想要删除历史订单，只能等待30天，30天后系统将把历史订单自动删除。
中国铁路客户服务中心（12306网）是铁路服务客户的重要窗口，将集成全路客货运输信息，为社会和铁路客户提供客货运输业务和公共信息查询服务。客户通过登录本网站，可以查询旅客列车时刻表、票价、列车正晚点、车票余票、售票代售点、货物运价、车辆技术参数以及有关客货运规章。铁路货运大客户可以通过本网站办理业务。
2014年12月1日起，铁路互联网售票预售期由20天逐步延长至60天。2015年3月，12306的动态验证码改为为随机的图片。11月10日，12306网站新用户注册，需要进行手机双向验证。2016年12月1日起，铁路客票系统启用部分新功能，旅客期待已久的网上购票“选座功能”已经实现了。2017年10月12日，C、D、G字头的动车组列车选座功能正式上线。11月23日起，中国铁路客户服务中心12306网站微信支付服务功能上线运行。12月26日起，12306新增微信通知方式。旅客绑定微信号，即可在微信内接收购票、改签、退票等行程通知。2019年12月12日起，12306网购火车票业务办理时间延长半小时。
