将剥开的菠萝蜜包上保鲜膜，然后放在放有竹叶、碎纸或蕉叶的竹筐或纸盒中，并放置阴凉通风处即可。存放时要注意好温度和湿度，一般情况下，存放温度保持在11～13度左右，湿度在85～95%条件下最好，这种可存放5～7天左右。当然，最好是在5天内吃完，因为若温度太高的话，菠萝蜜会容易发酵，就不能食用了。
如果菠萝蜜肉买多了可以将菠萝蜜用保鲜盒及保鲜膜封存冷藏，但是必须注意的是，如果冰箱环境比较差，需要对冰箱先行处理，否则细菌较多的冰箱仍然会导致菠萝蜜果肉的变质。若是需要延长菠萝蜜的保存时间，可以将果肉、果核、丝状物全部分开存放，果肉吃不完可以冷冻起来，丝状物可以炒菜食用，果核可以洗净后风干处理。
完整的菠萝蜜能放多久呢？主要取决于菠萝蜜的成熟程度、及保存方式。如果菠萝蜜果肉还未成熟的话，并且存放阴凉处，一般可以保存1-2星期左右，因为等待菠萝蜜成熟也需要一定的时间，因此保存时间较长，但若是在具有催熟作用的高温环境下，那么大概4-5天。若是已经成熟的菠萝蜜，建议不要超过1个星期，尤其是闷热的夏天。
