2、难以发现开发商违规用地的事实。二手房交易将受影响。《城市房地产管理法》规定，房地产上市交易，必须出示房屋所有权证和国有土地使用权证。
3、在拆迁补偿时会遭受损失。《城市房屋拆迁估价指导意见》第三条规定，房屋拆迁评估价格为拆迁房屋的房地产市场价格。因此，拆迁补偿金不仅包含房屋所有权价值，还包含了土地使用权价值。购房者如果未办理土地使用权证，在拆迁过程中就可能得不到关于土地使用权的相应补偿。
4、办理房屋抵押贷款时如果没有土地证，一部分银行是可以办理的，但另一部分银行是必须房产证、土地证两证齐全才能办房屋抵押贷款。
