概念不同
廉租房：政府以租金补贴或实物配租的方式，向符合城镇居民最低生活保障标准且住房困难的家庭提供社会保障性质的住房。分配形式以租金补贴为主，实物配租和租金减免为辅。
公租房，即公共租赁房，是对住房困难人群的过渡性的解决方案，旨在为不属于低收入人群但住房困难的人员，提供住房帮助。公共租赁房不归个人所有，而是由政府或公共机构所有，用低于市场价或者承租者承受起的价格，向新就业职工出租，包括一些新的大学毕业生，外地迁移到城市工作的群体等。公共租赁房有规划合理、配套完善等优点，但在实际使用中也存在户籍、租金等问题。
分配形式不同
廉租房：一是由政府出资建好后，低租金给住房困难户，二是由政府发放租金补贴给住房困难户，由他们租赁社会房屋居住。
公租房：一般由政府出资建房，低租金租给租户。在租赁5年期满后，符合条件的承租人可以按以综合造价为基准确定的价格购买。购买后可以继承、抵押，不得出租、转让、赠予等市场交易。因特殊原因需转让的，由政府以购房价加利息回购，再作为公租房流转使用。
申请对象不同
廉租房：主要是针对本市城镇低收入，住房困难家庭。分配对象主要是低保户和一些特定保障对象。
公租房：申请对象不受区域和户籍。公租房的租赁对象是中低收入阶层，也就是所谓“夹心阶层”，大都是是不受区域的。公租房现主要是针对中低收入住房困难家庭等群体出租的住房，已取得廉租房、经适房、两限房资格的家庭无须再次申请，符合廉租房、经适房、两限房申请条件及家庭中有60岁(含)以上老人、患大病人员、残疾人员、复转军人、优抚对象或重点工程拆迁的优先配租。
租金不同
廉租房月租不同地区设有不同的标准，按当地区标准计算。
公租房的租金标准按照贷款利息、维护费等因素确定,不超过同类地段、同等品质房屋租金的60%,并动态调整。
