鲜黄花菜中含有一种“秋水仙碱”的物质，它本身虽无毒，但经过肠胃道的吸收，在体内氧化为“二秋水仙碱”，则具有较大的毒性。所以在食用鲜品时，每次不要多吃。
由于鲜黄花菜的有毒成份在高温60度时可减弱或消失，因此食用时，应先将鲜黄花菜用开水焯过，再用清水浸泡2个小时以上，捞出用水洗净后再进行炒食，这样秋水仙碱就能破坏掉，食用鲜黄花菜就安全了。食用干品时，最好在食用前用清水或温水进行多次浸泡后再食用，这样可以去掉残留的有害物，如二氧化硫等。
有一些人认为，除掉花蕊的新鲜黄花菜就没有毒了，可以放心食用。这样的做法是错误的，虽然花蕊（子房和雄蕊）的秋水仙素含量确实要高于花瓣，但是由于花蕊跟花瓣的质量对比悬殊，所以整朵黄花菜中的秋水仙素有60%都分布在花瓣中。即使去除了花蕊，新鲜黄花菜依然是很危险的。
新鲜黄花菜吃之前最好去掉花蕊，因为花蕊中所含的毒素最多。鲜黄花菜吃之前，应先清洗干净，然后焯一下，再放到凉水中泡一下，并且充分炒熟煮透，这样就能够去除其中的毒素，从而避免食物中毒。具体的操作方法如下：
一、先将黄花菜的花蕊掐掉。
二、烧适量开水。
三、将开水倒在黄花菜上。
四、泡一分钟时间。
五、捞出用凉水洗一遍便可以了。
